lncRNA的預測包含基本篩選和潛在編碼能力篩選兩部分。百邁客綜合目前應用廣泛的編碼潛能分析方法對候選lncRNA進行進一步的篩選，主要包括：CPC分析、CNCI分析、CPAT分析、pfam蛋白結構域分析四種方法，目前采取逐級篩選的方法，最終鑒定得到的noncding transcripts用于后續(xù)lncRNA分析。為直觀展示分析結果，將4種分析軟件逐級篩選后的lncRNA進行統(tǒng)計，做維恩圖。

經(jīng)過四種軟件預測篩選后，對最終得到lncRNA種類及占比情況進行統(tǒng)計，根據(jù)lncRNA相對于附近編碼基因的位置將其分為lincRNA、Antisense-lncRNA、Intronic-lncRNA、sense_lncRNA這4類lncRNA，這些lncRNA對編碼基因的調控方式不同。lincRNA更可能通過順式方式干擾轉錄。Antisense-lncRNA可能在轉錄水平調控基因表達。

在生物體內，不同的基因產(chǎn)物相互協(xié)調來行使生物學功能，對差異表達lncRNA反式靶基因的注釋分析有助于進一步解讀基因的功能。KEGG數(shù)據(jù)庫是關于Pathway的主要公共數(shù)據(jù)庫，GO數(shù)據(jù)庫分類總結了基因的生物學功能，對差異表達lncRNA靶基因在KEGG、GO數(shù)據(jù)庫中的注釋結果進行富集分析。

lncRNA與mRNA在不同比對分析組合中的表達情況間接的表現(xiàn)了lncRNA和mRNA在某一生物時間段的表達關系，對差異表達lncRNA和mRNA表達量和在染色體上的分布的交互式分析，繪制相應的火山圖和MA圖。